Die Kirchgemeinde Bürglen umfasst die sieben politischen Gemeinden Aegerten, Brügg, Jens, Merzligen, Schwadernau, Studen und Worben. Sie ist in vier Pfarrkreise unterteilt. In allen Gemeinden – mit Ausnahme von Schwadernau – finden regelmässig Veranstaltungen und Gottesdienste statt
Die renovierte Kirche bildet das historische Zentrum und steht zusammen mit dem Pfarrhaus und dem Stöckli auf einem Grundstück namens "Bürglen" in Aegerten. Die erste urkundliche Erwähnung der Marienkirche von "burgulione" findet sich bereits in einer Urkunde aus dem Jahr 817. Der Name "Bürglen" kommt vom lateinischen Wort "burgus" (Burg), der sich über verschiedene Formen – "burgulione", "burgvilun", "Bürgelon" – im Laufe der Jahrhunderte entwickelte.
Die Kirche wurde auf römischen Grundmauern erbaut. Der älteste erhaltene Teil ist die Südmauer, wo auch noch die ursprünglichen Fenster aus romanischer Zeit sichtbar sind. Im Mittelalter gehörte die Kirche zum Praemonstratenser-Kloster Gottstatt. Lange Zeit war Bürglen auch die Mutterkirche von Nidau. Bis zur Reformation wurde das Kirchenschiff mehrmals vergrössert. 1621 stürzte durch ein Erdbeben der Turm ein, danach wurde die Kirche in der jetzigen Form wieder aufgebaut.
Bei der umfassenden Aussen-Renovation zwischen 1986 und 1989 wurden auch die Fundamente verstärkt. Dabei kamen zahlreiche Gräber aus verschiedenen Jahrhunderten zum Vorschein. Heute wird die Kirche für Gottesdienste und verschiedene Veranstaltungen genutzt.